Salut
Tu ne peux pas récupérer un backup fait par un système différent de celui sur lequel tu veux le transférer.
Fais un backup de tes données web et bdd (sachant que sur Debian avec virtualmin l'arborescence sera un peu différente : public_html au lieu de www, droits en nomuser:nomuser alors que sur la R3 c'est nomuser:users si je me souviens bien), sur mon site que tu connais bien, tu peux t'inspirer de ce tuto prévu pour un passage de R2 à Virtualmin, mais comme l'arborescence de la R3 est identique à celle de la R2 cela devrait aller :
http://www.how-to.ovh/viewtopic.php?f=19&t=45
Il faudra recréer tes domaines puis mettre tes sauvegardes après avoir adapté les commandes.
Restera les emails, mais as-tu besoin de récupérer ceux d'avant ou simplement recréer les mêmes boites ?